Inicialmente habitada pelos índios puris, a região teve sua colonização de origem europeia iniciada pelo comércio de brancos com os indígenas. Nas inúmeras versões sobre o surgimento desta nomeação, há sempre uma ligação com os mosquitos que infestavam a região onde surgiria o município.

Em 1817, Constantino José Pinto, com outros 40 homens, comercializando ervas e produtos medicinais, desceu pelo Rio Pomba e atingiu o Rio Muriaé, onde aportou construindo seu abarracamento junto a uma cachoeira, local hoje conhecido como Largo do Rosário. Ali, foi fundado um aldeamento dos índios, com demarcação das terras destinadas ao plantio para o sustento dos silvícolas. Nascia "São Paulo do Manoel Burgo". Em 1819, o francês Guido Tomás Marlière chegou e ergueu a Capela do Rosário. Começaram a aportar extratores de madeiras de lei e, principalmente, de plantas medicinais, em busca de raízes de ipecacuanha, chamada vulgarmente de poaia. Era o início da atividade econômica do futuro município.

O povoado cresceu rapidamente, a princípio, com uma só rua ao longo do rio - dando origem ao "Porto", à "Barra" e à "Armação", em razão do rio que margeavam - e, depois, disseminando o seu casario em todas as direções. Em 7 de abril de 1841, foi criado o distrito com o nome de São Paulo do Muriahé, pertencendo a São João Batista do Presídio (atual município de Visconde do Rio Branco) e subordinado eclesiasticamente a Santa Rita do Glória (atual município de Miradouro).

Em 16 de maio de 1855, pela Lei 724, com o nome de São Paulo do Muriahé, o distrito foi elevado à categoria de vila, desmembrando-se de São João Batista do Presídio. A vila de São Paulo do Muriahé seria elevada à condição de cidade apenas em de 25 de novembro de 1865, pela Lei 1 257. A denominação Muriaé só viria com a Lei 843, de 7 de setembro de 1923.

Nas últimas décadas do século XIX, Muriaé já era grande produtor de café, condição que manteve até meados do século XX. A monocultura cafeeira foi a primeira grande responsável pelo desenvolvimento econômico do município. O progresso da nova localidade foi constante, principalmente a partir de 1886, data da inauguração da Estação da Estrada de Ferro Leopoldina que ligaria, diariamente, Muriaé à Capital da República (Rio de Janeiro).

A instalação dos trilhos da Estrada de Ferro Leopoldina Railway introduz grandes mudanças na paisagem social da cidade. Junto ao trem chegam as notícias trazidas pelo telégrafo e correio, atualizando os cidadãos interessados. Surgindo a imprensa local, com "O Muriaé", semanário de 1890, "O Eixo Municipal", de 1891, "O Condor", de 1898 e "O Radical", em 1903, dando início a uma série de outros que se sucederam, criando uma longa tradição jornalística em Muriaé.

A proclamação da República chega até Muriaé, que aprimora suas construções. Em 1910, foi criado o serviço de força e luz, no ano seguinte o de água e esgoto, e, 1913, o serviço de telefone urbano. O calçamento, o telefone, os bancos fazem parte de uma nova ordem social e política.

A euforia permanece até o crash de 1929, quando se instaura grave crise econômica que afetou profundamente o município, mas a economia voltaria a crescer durante a fase getulista, principalmente após a abertura da estrada Rio-Bahia, inaugurada por Getúlio Vargas em visita à cidade em 1939. A monocultura cafeeira passou a ceder espaço para outras atividades econômicas. Na década de 1960, a mecânica automotiva começou a atingir grande expressão, graças ao asfaltamento da rodovia Rio-Bahia, e o município passou a ser referência no ramo da retífica de motores.